Miasto Bodzentyn założył biskup Bodzęty (Bodzanta) herbu Poraj w 1355 roku przenosząc tu siedzibę dworu myśliwskiego z Tarczka. Za jego czasów powstał w miejscu obecnego zamku zameczek drewniany. Budowla ta szybko uległa zniszczeniu i następca Bodzęta biskup Florian z Mokrska jeszcze przed 1380 rokiem zbudował murowany gotycki zamek, lokalną rezydencję biskupów krakowskich. Połączony z fortyfikacjami miejskimi zamek znajduje się na wysokiej skarpie, którą opływa rzeka Psarka.
19 czerwca 1410 roku na zamku przebywał Władysław Jagiełło, który powracał z jednej ze swych pielgrzymek na Święty Krzyż. Król przyjął tu posłów pomorskich. Pożar w 1413r. strawił drewnianą zabudowę Bodzentyna. Prawdopodobnie w związku z uszkodzeniami spowodowanymi przez ten pożar biskup Zbigniew Oleśnicki przebudował zamek, któremu nadano wówczas bardziej regularny plan oraz wzniesiono od strony północnej skrzydło mieszkalne.
W końcu XV wieku kardynał Fryderyk Jagiellończyk dobudował wschodnie skrzydło. Prace budowlane kontynuowali w ciągu XVI wieku kolejni biskupi: Jan Konarski, Piotr Tomicki oraz Franciszek Krasiński, którzy stopniowo nadawali całości cechy stylu renesansowego. Przekształcenia gotyckiej pierwotnie budowli w prawdziwie renesansową rezydencją dokonał w 1581 roku biskup Piotr Myszkowski. Ujednolicono wówczas stylowo starsze części zamku. Pracami budowlanymi kierował włoski architekt Jan Balcer, którego wkład docenił Piotr Myszkowski nadając jemu i jego żonie przywilej założenia ogrodu na przedmieściu Bodzentyna.
Ostatnia duża przebudowa miała miejsce w XVII wieku. Powstało wtedy skrzydło południowe. Budowę prowadzili kolejno biskupi: Jakub Zadzik (który od powołania na biskupstwo krakowskie w 1635 roku dał się poznać jako najbardziej zacięty wróg reformacji), Piotr Gembicki, Piotr Tylicki, Marcin Szyszkowski i Andrzej Trzebicki. Po blisko 80 latach w 1691 roku prace ukończył biskup Jan Małachowski, który swój herb Nałęcz widoczny do dziś umieścił w nadprożach okien. Zamkowi nadano wówczas formę barokową, o planie w kształcie zbliżonym do podkowy.
Z inwentarzy znamy wygląd zamku po tych przebudowach. Z przedzamcza wprowadzała na dziedziniec zamkowy brama z czerwonego piaskowca zachowana do dziś, poprzedzona murowanym mostem. Dziedziniec z trzech stron obejmowały trzykondygnacyjne skrzydła nakryte uskokowym dachem. Wschodni ryzalit zwieńczała renesansowa attyka. Przejście między skrzydłami zamku umożliwiał krużganek, który od strony dziedzińca biegł wzdłuż wszystkich kondygnacji środkowego skrzydła.
W XVIII wieku prowadzono już raczej tylko prace o charakterze remontowym. W połowie XVIII wieku pracował przy ozdabianiu zamku architekt Jakub Fontana. Były ostatnie lata wspaniałości tej rezydencji. Ostatnim - u schyłku XVIII wieku - władcą pałacu był biskup Sołtyk. W 1789 roku dobra duchowne przejęło państwo, wobec czego zamek został opuszczony, potem przekształcono go na spichlerz i szpital wojskowy. Szpital mieścił się tu do 1814 roku, potem jednak zamek ostatecznie opuszczono. Ikonografia z połowy XIX wieku ukazuje, że zamek nie był wtedy jeszcze kompletna ruiną. W kilku salach mieszczanie Bodzentyna urządzali wtedy jeszcze bale, jednak potem aż do końca XIX wieku z zamku czerpano budulec, co pogłębiło zniszczenia. Były nawet plany zupełnego rozebrania zamkowych ruin, które na szczęście nie zostały zrealizowane. W 1902 roku obiekt uznano za zabytek podlegający ochronie.
W czasach współczesnych mury zabezpieczono, tworząc z nich z trwałą ruinę. Na zamkowym wzgórzu pozostały jedynie fragmenty ścian, ponad otworami okiennymi widać tarcze herbowe z herbem Ślepowron biskupa Krasińskiego i wspomniany herb Nałęcz biskupa Jana Małachowskiego. Pozostał też dość wyraźny zarys całego pałacu. Od 1963 prowadzono w Bodzentynie badania pod kierunkiem Marii Brykowskiej.
Z zamkiem związana jest mroczna historia. Kiedy biskupstwo krakowskie objął Jakub Zadzik w podziemiach zamkowych więził arian i kalwinów. Podobno jednego z nich biskup zamknął w lochach razem z jego "heretyckimi księgami" i tak długo morzył głodem, aż ten zjadł je. Innym więźniem był ksiądz Kazimierz Bełza, za ogołocenie kościoła myślenickiego ze złotych ozdób zawieszonych na ołtarzach i przechowywanych w skarbcu.
